В 1999 году Французский банк внешней торговли был поглощен финансовой группой Banques Populaires (Франция). Кредитная организация с оригинальным наименованием Natixis была образована в результате слияния банковских структур: IXIS и Natexis Banque Populaire.

Филиал в России получил лицензию ЦБ РФ в 2002 году. Деятельность современного "Натиксис Банка" ориентирована на сопровождение экпортных операций ведущих российских поставщиков. Наиболее значимыми из них являются: "Газпром", UC Rusal, Evraz Group, нефтяная компания «РИТЭК» и другие. Также кредитной структурой предоставляются услуги коммерческого банкинга – private banking. Доля реализации розничных продуктов "Натиксис Банк" очень низкая.

Активная работа ведется на уровне межбанковского сотрудничества. Около 80% основных средств организации сформированы за счет финансовых вливаний банков-партнеров.

Французская кредитная структура Natixis является единственным учредителем «Натиксис Банка» с 100% долей в уставном капитале.